Основной фонд музея составляют сокровища Троице-Сергиева монастыря, созданные трудом нескольких поколений талантливых зодчих, художников и мастеров прикладного искусства Древней Руси. Исключительное место в истории русской культуры принадлежит архитектурному ансамблю Троице-Сергиева монастыря - этой подлинной жемчужине древнерусского зодчества. Троице-Сергиев монастырь был на Руси своеобразным хранилищем художественных ценностей, которые поступили сюда в качестве вкладов от великих и удельных князей, царей, бояр, духовенства и простых людей. Это замечательные произведения живописи, графики и прикладного искусства. За годы существования музея его древнейшее собрание обогатилось новыми экспонатами, собранными научными сотрудниками во время экспедиций.